変形労働時間制の労使協定の保存期間
別の呼び方: 1年単位の変形労働時間制の協定・1か月単位の変形労働時間制の協定・年間カレンダー（労働日カレンダー）・フレックスタイム制の労使協定
- 保存期間
- 5年（当分の間は3年）
- いつから数えるか
- 協定が完結した日（対象期間・有効期間が終わった日）から
- 電子データでの保存
- 可
変形労働時間制やフレックスタイム制の労使協定は、厚生労働省が例示する「労使協定の協定書」として、完結の日から3年間保存します（本則5年、当分の間3年）。協定に付ける労働日カレンダーも一緒に残します。
根拠の法令
電子データで残すとき
労務の書類は電子帳簿保存法ではなく、e-文書法と厚生労働省の省令（平成17年厚生労働省令第44号）で電子保存が認められています。労働基準法第109条の書類は、最初から電子で作ったデータでも、紙をスキャナで読み取った画像でも保存できます。条件は、必要なときにすぐ画面に表示し、印刷して書面にできることです。監督署の調査で求められたら、その場で出せる状態にしておきます。
迷いやすい点
1年単位の変形はカレンダーまでが協定の中身
1年単位の変形労働時間制では、対象期間の労働日と労働日ごとの労働時間を協定で決めます（労働基準法第32条の4）。年間カレンダーは協定の一部なので、協定書と切り離さずに保存します。
割増賃金の計算の根拠になる
変形労働時間制では、どの日が何時間の所定労働時間かで時間外労働の判定が変わります。残業代の計算が正しかったかを後で確かめるには、その期間の協定とカレンダーが必要です。
1か月単位は就業規則で定める方法もある
1か月単位の変形労働時間制は、労使協定のほか就業規則などで定めることもできます（労働基準法第32条の2）。協定で導入した場合だけ、この協定書が保存対象になります。
捨ててよい時期
対象期間（有効期間）が終わった日から3年を過ぎたら廃棄できます。その期間の残業代の精算が終わっているかを確かめてから処分します。
残し方のコツ
- 対象期間ごとに、協定書・カレンダー・届出の控えをまとめる
- シフトで労働日を決める場合は、各期間のシフト表も一緒に残す
- ファイル名に事業場名と対象期間を入れる
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ジンベイ GenApp を見るよくある質問
- 変形労働時間制の労使協定の保存期間は何年ですか？
- 5年（当分の間は3年）です。協定が完結した日（対象期間・有効期間が終わった日）から数えます。
- 1年単位の変形の協定は届出が必要ですか？
- 必要です。労働基準監督署に届け出た控えも一緒に保存します。
- フレックスタイム制の協定も同じ扱いですか？
- 労使協定の協定書として同じく完結の日から3年です。清算期間が1か月を超える場合は届出も必要です。
- 対象期間の途中で協定を変えたら？
- 変更前の協定も、その効力が終わった日から3年残します。
2026年10月30日時点の法令で確かめています。改正されることがあるので、判断に迷うときは所管の役所や専門家にご確認ください。参照元: laws.e-gov.go.jp、laws.e-gov.go.jp、mhlw.go.jp
あわせて確かめたい書類
- 36協定（時間外・休日労働に関する協定）5年（当分の間は3年）
- 賃金控除に関する協定（24協定）5年（当分の間は3年）
- 出勤簿5年（当分の間は3年）
- ストレスチェックの結果の記録5年（本人の同意を得て会社が結果を受け取った場合）
- ストレスチェック後の面接指導の記録5年
- 健康診断個人票5年
- 長時間労働者の面接指導の記録5年
- 36協定の健康福祉確保措置の実施記録36協定の有効期間中と、満了後5年（当分の間は3年）
- タイムカード5年（当分の間は3年）
- 解雇に関する書類5年（当分の間は3年）